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qPCR效率计算器
使用此qPCR效率计算器从标准曲线的斜率确定PCR检测的效率。为了验证您的PCR运行效率,您应该获得90-100%的可接受qPCR效率,这意味着目标序列中的分子数量在每个复制循环中翻倍。
继续阅读以了解如何计算引物效率,如何正确解释qPCR效率结果,并找到改善PCR结果的技巧。您还将找到DNA稀释的板布局示例表,以达到更好的扩增率。如果术语已经让您感到困惑,最好先查看我们的退火温度计算器,以更好地理解PCR的基础知识。
什么是qPCR效率?
PCR效率以百分比(%)表示,告诉我们PCR(聚合酶链反应)检测的表现如何。它查看目标序列的倍增比率。如果qPCR(定量PCR)引物效率等于100%,这意味着我们的目标序列在每个PCR循环中翻倍,聚合酶酶和引物以最大容量工作;这是我们的目标。
我们计算PCR效率来确定我们检测的可靠性和准确性,并将不同检测相互比较。通常,运行带有稀释系列的标准曲线实验。将得到的Ct(循环阈值)值与核酸输入水平的对数作图,生成线性图。我们使用此图的斜率或梯度来确定PCR反应效率。
效率<90%或≥110%是不可接受的,表明需要进一步的检测优化。让我们接下来看看qPCR效率计算器的使用、方程式以及如何正确解释结果!
如何计算qPCR效率 — 公式
要计算PCR效率,我们只需要知道一个值:标准曲线的斜率。要获得此值,运行稀释曲线并查看所得曲线的斜率。此时,您可以近似PCR效率:如果斜率的值≈-3.3,您的PCR以大约100%的效率运行,斜率-3.322正好等于100%(-1/log(2))。
此方程的结果是以百分比表示的效率。如果您达到100%的值——完美,您的PCR以完全效率运行。记住只有90%和110%之间的值是可接受的!
如何使用qPCR效率计算器 — 示例
qPCR效率计算器假设在您的标准曲线图上,DNA拷贝数的对数绘制在x轴上,Ct绘制在y轴上。首先,验证您的图表看起来像这样!之后,您可以按照以下简单步骤:
计算过程:
1. 找出您的标准稀释曲线的斜率;让我们以-3.35的值为例。
2. 将斜率值插入计算器的第一个字段。
3. 这就是您需要做的全部!计算器将确定qPCR引物效率百分比以及扩增因子:
效率 = -1 + 10^(-1/-3.35) = 98.84%
扩增因子 = 10^(-1/-3.35) = 1.99
扩增因子的最大值可以是2,因为DNA有两条链,最多目标序列可以在每个循环中翻倍。
如何优化PCR效率和稀释曲线
在这里找到一些关于如何改善标准曲线和PCR效率的额外建议!我们还将为您提供在标准曲线PCR运行的孔板上移液DNA稀释的模板。首先,确保您遵循所使用PCR试剂盒和反应物的提供指南!
优化建议:
- 使用至少5个稀释点,进行10倍稀释
- 每个稀释点至少运行三重复
- 如果标准曲线中有1个或更多异常值,重复曲线
- 运行后检查R²和异常值
- 使用四眼原则——让多人首次执行标准曲线
- 仅使用纯模板DNA(避免污染)并保持工作空间清洁和消毒
- 确保移液器正确校准,材料适当且为标准材料
- 调整引物和探针浓度;用荧光DNA结合染料验证特异性
有各种方法验证上述要点。始终仔细调查异常结果并考虑故障的不同原因。尝试一次只改变一个或几个参数,以精确确定最初导致错误的原因。
重要概念解释
Ct值是什么? 它是荧光信号超过背景水平所需的PCR循环数。Ct水平与样品中目标核酸的量成反比(即,Ct水平越低,样品中目标核酸的量越大)。
确定PCR效率的最薄弱环节是稀释曲线的制备,这会导致错误的效率计算。我们的系列稀释计算器只是Omni计算器的稀释计算器之一,可以帮助您制作正确的溶液。
NTC代表什么? NTC代表无模板对照或阴性对照,通常是无菌水,用于检测qPCR检测中的潜在污染或非特异性扩增。
样品制备、移液稀释和等待机器人完成可能是单调的任务,有很长的等待期。我们的播客计算器可以帮助您更有效地度过这段时间。
常见问题
如何计算qPCR的扩增效率?
运行带有稀释的标准曲线PCR并记录所得曲线的斜率,例如-3.35。使用qPCR效率公式并插入您的斜率值:效率 = -1 + 10^(-1/-3.35) = 98.84%。解释您的结果:正好-3.322的斜率意味着100% PCR效率,而90%和110%之间的结果是可接受的。
如何改善qPCR效率?
改善qPCR效率结果的一些最关键参数是:对于标准曲线,使用≥5个稀释点并为每个至少运行三重复;如果有异常值则重复检测;在所有过程步骤中使用四眼原则;仅使用未污染的模板DNA并保持清洁的工作空间;使用正确校准的移液器;调整引物和探针浓度;用荧光DNA结合染料验证特异性。
什么是好的PCR效率?
完美的PCR效率表示为100%(等于标准曲线斜率-3.322),意味着所有目标DNA在每个PCR循环中翻倍。90%和100%之间的结果(-3.6 ≥ 斜率 ≥ -3.3)是可接受的。超出此范围的结果表明PCR需要进一步改进。
qPCR效率如何能大于100%?
可能导致理论PCR效率大于100%的因素包括抑制剂、污染、移液器的精度误差、错误的稀释点,或当值处于反应的非线性阶段时。调整PCR检测时,一次只改变一个或几个参数,以精确确定最初导致错误的原因。
参数名 | 参数类型 | 默认值 | 是否必传 | 描述 |
---|---|---|---|---|
slope | number | -3.35 | 否 | qPCR标准稀释曲线的斜率值,通常为负值,理想值约为-3.322 |
参数名 | 参数类型 | 默认值 | 描述 |
---|---|---|---|
efficiency | number | PCR扩增效率,以百分比表示,理想值为100%,可接受范围为90%-110% | |
qualityAssessment | string | 基于效率值的质量评估结果:优秀(90-110%)、需要优化(<90%或>110%) | |
amplificationFactor | number | 每个PCR循环的扩增倍数,理想值为2.0,表示目标序列完全倍增 | |
recommendation | string | 基于计算结果给出的实验改进建议 |
错误码 | 错误信息 | 描述 |
---|---|---|
FP00000 | 成功 | |
FP03333 | 失败 |
参考上方对接示例